Séminaire R - Edition 2.0

12-14 Décembre - Faculté de Médecine de Lille

Les premières éditions du Séminaire R organisées depuis 2009 par le Dr. Chazard avaient été plébiscitées par les internes participants. En 2013, cela avait été l'occasion d'inviter les internes de l'inter-région pour 3 jours d'initiation au logiciel de statistique R. Devant le succès rencontré par cet événement, nous sommes heureux de vous annoncer l'organisation de l'édition 2.0. Cette nouvelle mouture sera destinée aux internes de tous niveaux et sera de nouveau ouverte aux internes de l'inter-région.

Une expérience préalable sur R ou en programmation sera l'occasion de se perfectionner en se tournant vers les exercices niveau avancé qui viendront systématiquement compléter le niveau débutant. L'objectif de ce séminaire est de vous guider à travers la réalisation d'une analyse statistique complète avec R. Les notions complexes de statistiques vous seront présentées d'un point de vue pratique et aucune connaissance avancée ne sera donc requise. Le format combinera la théorie et la mise en application immédiate sur vos machines. Les maîtres mots : pratique, pratique et (encore) pratique !

Les enseignements seront gratuits et dispensés par des médecins de santé publique expérimentés utilisant R au quotidien : Dr. Emmanuel Chazard (MCU-PH), Dr. Vincent Chouraki (Post-Doc), Dr. Grégoire Ficheur (Post-Doc), Dr. Jonathan Giovannelli (PH), Dr. Thibaut Balcaen (AHU), Dr. Alexandre Caron (AHU), Dr. Alexandre Georges, Dr. Adrien Ghenassia et Dr. Nicolas Depas (internes de santé publique en fin de cursus).

Informations pratiques

Lieu des enseignements

Pôle Recherche - Salle 4 

Hôpital Claude Huriez

Rue Michel Polonowski,

59000 Lille

Matériel

La salle est équipée d'un vidéo-projecteur et de prises pour les ordinateurs.

Internes de l'inter-région

Rendez-vous sur le site de l'association lilloise des internes de santé publique pour l'organisation de votre accueil.


Programme

Prérequis

  • Niveau en programmation : aucune connaissance en programmation n'est requise.
  • Niveau en statistiques : des bases en statistiques seront un plus.
  • Matériel : votre ordinateur portable avec son chargeur (pas de tablette) avec la dernière version de R installée. Vous devrez également avoir installé le logiciel R studio. Si vous rencontrez des problèmes d'installation, une session optionnelle est proposée le premier jour pour vous aider à les résoudre. Afin de respecter le programme, aucune aide complémentaire ne sera apportée ensuite et l'installation de R sera considérée comme effective.
  • Connexion Internet : le paramétrage de votre connexion est impératif - veillez à consulter le tutoriel de connexion à EDUROAM. En cas de difficultés, rapprochez-vous des services informatiques de votre université.

Jour 1 (Lundi 12 Décembre)

  • 08.45-09.15 : Installation de R et Rstudio [*OPTIONNEL*] 
  • 09.00-09.15 : Accueil et Café.
  • 09.15-09.30 : Mot de bienvenue - Overview du séminaire (Alexandre Caron).
  • 09.30-10.30 : Introduction au logiciel R : un logiciel de programmation : cours .pdf (Jonathan Giovannelli).
  • 10.30-10.45 : Stratégie de travail cours .pdf (Jonathan Giovannelli).
  • 10.45-11.15 : Structure des données dans R (1) : cours .pdf (Thibaut Balcaen).
  • Coffee break
  • 11.30-12.00 : Structure des données dans R (2) (Thibaut Balcaen).
  • 12.00-12.45 : Indiçage dans R : cours .pdf (Jonathan Giovannelli).
  • Lunch Break
  • 13.30-14.15 : Opérations sur les vecteurs et autres objets : cours .pdf (Jonathan Giovannelli).
  • 14.15-15:15 : Structure conditionnelles : cours .pdf (Thibaut Balcaen).
  • Coffee break.
  • 15.30-16.15 : Boucles for et apply : cours .pdf (Thibaut Balcaen).
  • 16.15-17.15 : Programmation de fonctions : cours .pdf (Jonathan Giovannelli).
  • Exercices et correction.
  • Cours complet .pdf et .html (voir knitR pour le script ayant permis de générer ce document)

Jour 2 (Mardi 13 Décembre)

  • 09.30-11.00 : Chargement des données. Recodage des variables et datamanagement (Emmanuel Chazard).
  • Coffee break.
  • 11.15-12.45 : Statistiques univariées : paramètres et représentations graphiques (Emmanuel Chazard).
  • Lunch Break
  • 13.30-15.15 : Statistiques bivariées: paramètres, représentations graphiques et tests (Emmanuel Chazard).
  • Coffee break.
  • 15.30-17.15 : Introduction aux analyses multivariées (Emmanuel Chazard).

Jour 3 (Mercredi 14 Décembre)

  • 09.30-11.00 : R pour l'épidémiologie (Vincent Chouraki) : cours.pdf.
  • Coffee break.
  • 11.15-12.45 : R pour le Big Data, introduction au Machine Learning : cours .pdf, exemples Jeux vidéos et Alpha Go (Grégoire Ficheur).
  • Lunch Break
  • 13.30-14.15 : Perspectives : rapport d'analyse automatisé (Alexandre Georges) : exemple .Rmd pour le cours de la journée 1.
  • 14.15-15.00 : Perspectives : interactivité avec Shiny : cours .pdf, code shiny.R (Nicolas Depas).
  • 15.00-15.45 : Perspectives : analyse de données spatiales (Adrien Ghenassia).

Pour plus d'information, merci de contacter Mme. Bianco, secrétaire du Professeur Amouyel au 03 20 44 55 18 ou par l'intermédiaire de notre formulaire de contact.

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Maison Régionale de la Recherche Clinique du CHRU de Lille

6, rue du Professeur Laguesse

59037 Lille Cedex